Lembaga Pengkajian dan Penerapan Al-Islam Kemuhammadiyahan (LPP AIK) STIEMJ bekerja sama dengan pimpinan dan stakeholder di lingkungan sivitas akademika STIEMJ untuk mewujudkan visi institusi dengan baik.
LPP-AIK melaksanakan seluruh kegiatan AIK mencakup kegiatan akademik dan non-akademik baik yang dilaksanakan dalam lingkup pimpinan, dosen, karyawan dan mahasiswa. Kegiatan akademik berupa pembelajaran kelas Akidah Akhlak, Ibadah, Muamalah, Islam dan Disiplin Ilmu serta Kemuhammadiyahan. Sebagai bentuk integrasi keislaman dalam berbagai bidang LPP AIK bekerja sama dengan LPPM memfasilitasi penelitian terkait dengan AIK baik dilingkungan internal STIEMJ ataupun eksternal. Juga mengintegrasikan nilai AIK dalam pengabdian masyarakat dan KKN mahasiswa.
Kegiatan non akademik menjadi salah satu hal penting yang menjadi perhatian adalah kemampuan baca Al-Quran sivitas akademika STIEMJ. Maka, AIK mengadakan KARISMA (Kajian Rutin Keislaman Muhammadiyah) untuk mahasiswa, Pengajian Keislaman, Tadarus Al-Quran, baik untuk para dosen maupun tendik maupun karyawan STIEMJ.
Baitul Arqam dan Darul Arqam dilaksanakan di lingkungan STIEMJ sebagai bentuk pendalaman dan implementasi AIK yang diikuti oleh para mahasiswa, tendik, dosen dan para pimpinan STIEMJ. Selain itu LPP-AIK juga mempunyai program lain sebagai berikut.